أنشئ المجمع في القاهرة أغسطس 1798 بقرار من نابليون بونابارت، كان مقره في دار أحد بكوات المماليك في القاهرة ثم نقل إلى الإسكندرية عام 1859 وأطلق عليه اسم المجمع العلمي المصري ثم عاد للقاهرة عام 1880، وكانت أهداف المجمع العمل على التقدم العلمي، ونشر العلم والمعرفة.
وقد أورد المؤرخ عبد الرحمن الجبرتي في مؤلفه الشهير عجائب الآثار في التراجم والأخبار؛ واصفاً إنشاء المجمع العلمي وقتها قائلا: ً «… وهدموا عدة دور من دور الأمراء، وأخذوا أنقاضها ورخامها لأبنيتهم، وأفردوا للمدبرين والفلكيين وأهل المعرفة والعلوم الرياضية كالهندسة والهيئة والنقوشات والرسومات والمصورين والكتبة والحساب والمنشئين حارة الناصرية حيث الدرب الجديد، وما به من البيوت مثل بيت قاسم بك، وأمير الحاج المعروف بأبي يوسف، وبيت حسن كاشف جركس القديم والجديد… وأفردوا لجماعة منهم بيت إبراهيم كتخدا السناري، وهم المصورون لكل شيء، ومنهم أريجو المصور،… صور صورة المشايخ كل واحد على حدته في دائرة، وكذلك غيرهم من الأعيان، وعلقوا ذلك في بعض المجالس ساري عسكر…، وآخر في مكان آخر يصور الحيوانات والحشرات، وآخر يصور الأسماك والحيتان بأنواعها وأسمائها…»
وضم المجمع أربع شعب هي: الرياضيات، والفيزياء، والاقتصاد السياسي، والأدب والفنون الجميلة، وفي عام 1918 أجريت تعديلات على الشعب لتحوي الآداب والفنون الجميلة وعلم الآثار، والعلوم الفلسفية والسياسة، والرياضيات، والفيزياء، والطب والزراعة والتاريخ الطبيعي ويحتوى المجمع على مكتبة تضم 200 ألف كتاب، ومجلة سنوية. وفي ديسمبر 2011 احترق مبنى المجمع بشارع قصر العينى في خضم الاضطرابات السياسية التي شهدتها مصر عقب ثورة 25 يناير 2011 وأتت النيران على 70% من إجمالي الكتب والمخطوطات التي كان يحويها المجمع
وكان الباعث على إقامته سببين؛ السبب الظاهر للعيان العمل على تقدم العلوم في مصر، وبحث ودراسة الأحداث التاريخية ومرافقها الصناعية، وعواملها الطبيعية، فضلا عن إبداء الرأي حول استشارات قادة الحملة الفرنسية، ولكن الهدف الحقيقي هو دراسة تفصيلية لمصر وبحث كيفية استغلالها لصالح المحتل الفرنسي، ونتج عن هذه الدراسة كتاب «وصف مصر».
تسجل هذه البناية قصة عودة الحياة إلى المجمع العلمي مرة أخرى، حيث ظل منذ خروج الفرنسيين مهملا، إلى أن نجح دكتور والن قنصل بريطانيا في مصر، في تأسيس الجمعية المصرية العلمية لتقوم بدوره، وأنشأ الدكتور هنري إليوت وهو إنجليزي، وبريس دافين العالم الفرنسي في عام 1842 الجمعية الأدبية المصرية لتقوم بنفس الهدف. وفي 6 مايو 1856 أعلن محمد سعيد باشا والي مصر، إعادة تأسيس المجمع مرة أخرى بالإسكندرية وأدمجت الجمعيتان السابقتان فيه، وضم المجمع العديد من أعضاء المجمع القديم، أبرزهم جومار الذي كان عضوا في لجنة الفنون وماربيت وكوليج وغيرهم، وبرز عدد كبير آخر من أعضاء المجمع على مدى تاريخه في مختلف المجالات، ومنهم جورج شواينفورت الرحالة المشهور المتخصص في العلوم الطبيعية، ومحمود الفلكي الإخصائي في علم الفلك، وجاستون ماسبيرو المتخصص في التاريخ الفرعوني، وعلى مشرفة عالم الرياضيات، والدكتور علي باشا إبراهيم وأحمد زكي باشا.
